Bolsec 1551 tavaszán bírálni kezdte az eleve elrendelésről Kálvin által kifejtett nézetet. Hangoztatta, hogy „Kálvin Istene képmutató és hazug, s mint a bűnösök patrónusa, rosszabb a sátánnál.” A tanács figyelmeztette őt, Kálvin pedig személyesen adott magyarázatot teológiai álláspontjáról, de Bolsecet nem tudta meggyőzni. Bolsec a konzisztóriumot is megkereste kifogásaival, elismerte a kiválasztást, de csak pozitív értelemben, tagadta ugyanis az elvettetésről szóló tanítást (kettős predestináció). Kifejtette, hogy Isten mindenkit kiválasztott, az üdvösséget mindenkinek felajánlotta, hogy mégsem fogadja el azt minden ember, az a szabad akarat, az ember szabad választásának bizonyítéka. Talán feledésbe merült volna a kérdés, ha Bolsec nem érzi úgy, hogy a széles nyilvánosság előtt is ki kell fejtenie nézeteit. Vagy csak a helyzet adta lehetőséget ragadta meg. Ugyanis egy októberi kongregáción, azaz olyan istentiszteleten, amikor a laikusok is felszólalhattak, a lelkész a Jn 8,47 alapján a predestináció szellemében prédikált, Bolsec félbeszakította a prédikátort, hamisnak nevezte a tanítást, szidalmazta a lelkészeket, figyelmeztette őket, hogy ne vigyék tévelygésbe a népet. Kálvin, aki az istentiszteletre időközben megérkezett, vitába szállt Bolseccel, Szentírásbeli érvei mellett Augustinusra hivatkozva. A városban tartózkodó és itt jelen lévő Farel szintén szólt a gyülekezethez. A történtek hatására egy városi elöljáró letartóztatta Bolsecet, az indok a közbéke megzavarása volt. Ezt követően hetekig tartó vita kezdődött Bolsec és Kálvin között, s mert az előbbi a svájci lelkészekre hivatkozott, az ügy messze túlnőtt Genf határain. A megkérdezett teológusok Kálvin mellett foglaltak állást, de a kérdést nem tartották olyan súlyúnak, hogy ne lehessen kompromisszumos megoldást találni a per kimenetelére nézve. A genfi tanács, hogy elejét vegye az ügy mentén kibontakozó további viszályoknak, 1551 decemberében száműzte Bolsecet.
Kálvin ragaszkodott Bolsec megbüntetéséhez, ellenkező esetben ugyanis rajta marad a „hamis tanító” bélyege, ami az adott helyzetben tökéletesen ellehetetlenítette volna őt, s nem csak Genfben. (Egyébként Bolsec Kálvin halála után tizenhárom évvel kiadott egy őt gyalázó könyvet, képtelen rágalmait több későbbi történeti munkában is tényként kezelték.)
A vita tárgya tisztán teológiai kérdés volt, Bolsecet mégis a polgári hatóság vette őrizetbe. A reformáció korában nem lehetett szétválasztani teológiát és politikát. Ez igen fontos szempont, a következő fejezet megértéséhez nélkülözhetetlen.
Dienes Dénes