Strasbourg messze jelentősebb város volt Genfhez viszonyítva. Kereskedelmi utak csomópontjában feküdt, gazdasági és kulturális központnak számított. Reformátorai – Martin Bucer, Wolfgang Capito, Johann Sturm – az evangéliumi megújulás alternatív útját járták, amennyiben a korban szokatlan türelemmel viseltettek a reformáció irányzatait tekintve. A városban viszonylagos békében éltek együtt a lutheránusok, zwingliánusok és anabaptisták. A münsteri események hatására ugyan változott ez a helyzet valamelyest, ezzel együtt Strasbourg sajátos szigete volt a reformációnak.
Kálvin tanított az itteni akadémián, átdolgozta az Institutiót (1539), majd lefordította latinról francia nyelvre (1541). Elgondolhatjuk, milyen intenzíven dolgozhatott, mert ugyanekkor kiadta a Római levél magyarázatát (1539), szerkesztett egy zsoltárgyűjteményt – maga is szedett versbe hét zsoltárt –, megírta és közrebocsátotta a Rövid értekezés az úrvacsoráról című művét (1541).
Mindemellett arra is volt gondja, hogy az őt száműző genfiek segítségére siessen. Sadoleto* bíboros, igen művelt bölcsész főpap 1538-ban a genfieknek levelet írt, s érveivel a római egyház keretei közé való visszatérés reális veszélyét idézte elő. A továbbra is meglehetős feszültségben élő város a berniek segítségét kérte, ők viszont Kálvinhoz folyamodtak, ami az ő széles körben ható teológusi tekintélyét világosan mutatja. Válasz Sadoletónak című művében Kálvin sikeresen vette védelmébe a reformáció eszméit.
Ugyanakkor rengeteg tapasztalatot szerzett az egyházszervezés és -igazgatás területén. Kálvin Strasbourgban megfigyelhette a négy tisztség – lelkipásztor, tanár, diakónus, presbiter – köré szervezett gyülekezetet, melynek mását később minden erejével igyekezett kialakítani Genfben. Láthatta azt a gyakorlatot is, hogy az úrvacsorával való éléshez egyházfegyelmi eszközök is kötődtek, s hogy miként használták a kiközösítés fegyverét. Az itteni liturgia szintén mintául szolgált számára. A kálvini istentiszteleten oly jellegzetes bűnvalló könyörgés strasbourgi eredetű. „Ami a vasárnapi istentiszteletek rendjét illeti, a strasbourgi gyakorlatot vettem alapul és túlnyomó részben ahhoz igazodtam” – nyilvánította ki később ő maga.
Strasbourgban Kálvin folyamatos vitában állt az anabaptistákkal. Számosan kereszteltették meg a gyermekeiket az ő érveinek hatására. 1540-ben polgárjogot kapott a városban, nemsokára megházasodott. Felesége Idolette de Bure, egy anabaptistából Kálvinnak köszönhetően reformátussá lett férfi özvegye volt. Fiuk kéthetes korában meghalt, Idolette 1549-ben elhunyt, első házasságából származó két gyermekét Kálvin nevelte.
Strasbourgi évei során Kálvin négy alkalommal hitvitán is részt vett. Egy ilyen út során Frankfurtban 1539-ben találkozott Melanchtonnal, és életre szóló barátságot kötött vele. Lutherrel sosem találkozott személyesen, és műveivel sem tudta elnyerni rokonszenvét. Kálvin viszont igen nagyra tartotta, „zseniális embernek” nevezte, Krisztus kiváló szolgáját látta benne.
Dienes Dénes