A tanács elfogadta a tervezetet, és határozatot hozott annak bevezetéséről, ide értve az eskü formájában letett hűségnyilatkozatot is. A polgárság egy része azonban nem engedelmeskedett. Miután a vezető lelkészek nem voltak jogokkal felruházott polgárok, mindössze megtűrt menekültek, a tervezet ellen tiltakozók kihasználták a polgárság jelentős részének ellenérzéseit a „franciákkal" szemben. Hangoztatták, hogy az idegen menekültek ne tegyenek súlyos igát a szabad genfi polgárok nyakába. A város vezetése engedett a nyomásnak, és nem engedélyezte az úrvacsorától való eltiltást, a kiközösítést, hanem az úrvacsorához járulás lehetőségét korlátozás nélkül a személyes jogok közé sorolta. Meghatározta, hogy ezt a sákramentumot - ahogy Bernben is gyakorolják - évente csak négyszer szabad kiosztani. Ezzel egyértelművé tette, hogy az egyház belső ügyeiben is magának igényli a döntéshozatal gyakorlását. A feszültséget tovább növelte, hogy a választások során a Kálvinék ellen agitáló ellenzék többségbe került a város vezetésében. Hamarosan érvényt kívántak szerezni annak a törvénynek, hogy a lelkészekre büntetés vár, ha beleavatkoznak a politikai ügyekbe. Ha tehát a szertartások kérdése a politikai vezetés hatáskörébe tartozik, akkor politikai ügyként kezelendő, következésképp a lelkészeknek egyetlen lehetőségük marad: engedelmeskednek.
Ezek az események meglehetősen nehéz helyzetbe hozták a lelkipásztorokat. Súlyosbította a problémát, hogy Bern városa politikai függőségbe akarta vonni Genfet, s első lépésként az egyházi élet területén kívánta meg a berni rendtartás bevezetését, (így azután a szertartások kérdése valóban politikai ügy lett). Kálvin kinyilvánította, hogy „külső, lényegtelen dolgokról" (adiaforon) lévén szó, nem látja akadályát a szertartási változtatásoknak, de azt kérte, hogy a tanács engedje át a döntést az egyháznak, s várja meg a hamarosan ülésező zürichi zsinat határozatát. A „Bern-barát" politikai vezetés azonban nem vette figyelembe Kálvin felvetését, hanem 1538 márciusában megszavazta a keresztelőkutak használatát, a kovásztalan kenyeret az úrvacsorában, a húsvét, az áldozócsütörtök, a pünkösd, a karácsony és egy Mária-ünnep megtartását (Genfben addig csak a vasárnapot ünnepelték). Az ellentmondó lelkészeket eltiltották a prédikálástól. Caraud, a vak prédikátor nem engedelmeskedett, ezért bebörtönözték. Kálvin és Farel tiltakoztak, de nem értek el semmilyen eredményt. Ezért 1538 húsvét ünnepén (április 21.) mindketten megtagadták az úrvacsora kiosztását, mert „az oly szent misztérium profanizálása lenne", ha ilyen körülmények között kiszolgáltatnák a szentséget. Két nappal később a város vezetőtestületei azt a döntést hozták, hogy a három lelkipásztor - Caraud, Farel és Kálvin - három napon belül hagyják el Genfet.
Dienes Dénes