1541 októberében Kálvin benyújtotta a tanácshoz az egyházi rendtartás tervezetét. Ahogy ezt strasbourgi tapasztalatai alapján helyesnek ítélte meg, négy szolgálatot állapított meg a reformált egyházban. 1. A lelkipásztort a lelkészek testülete választotta. Meghívás után ez a közösség megvizsgálta a jelöltet elméleti felkészültsége, gyakorlati képességei és erkölcse vagy jelleme tekintetében. Majd ajánlotta a tanácsnak, s ha az illető megerősítést nyert, bemutatták a gyülekezetnek. A lelkészek hetenként tartottak értekezletet (kongregáció). Ez egyszerre volt az erkölcstanbeli ellenőrzés és a tanulás alkalma. Nem lehetett lelkész az, akire bármilyen, a polgári törvényekbe ütköző vétség rábizonyult. Az igehirdetés mellett kiemelt feladatuk volt a gyermekek tanítása a kátéra minden vasárnap délben, valamint a betegek látogatása. 2. A tanítókon Kálvin nem a gyermekek oktatását végzőket értette, hanem inkább a teológiai tanárokat. Ezért tartotta lehetségesnek az átmenetet ebből a tisztségből a lelkipásztorságba. A tisztséggel kapcsolatban teológiai iskoláról beszél, amelyben az Ó- és Újszövetséget tanítják. 3. A presbiterek (vének, 12 laikus férfi), az egyháztagok életét felügyelték. A lelkészekkel együtt ők alkották a konzisztóriumot. Nem a gyülekezet választotta, hanem a polgári hatóság delegálta őket saját soraiból: kettőt a kis-tanács, négyet a hatvanak tanácsa, hatot a kétszázak tanácsa. „Kötelességük – így szól a tervezet – mindenkinek életmódját figyelemmel kísérni, barátságosan meginteni azokat, akiknek buzgósága megapad, meginteni azokat, akik rendetlenül élnek. Ha szükségesnek látszik, a tagok [a konzisztóriumnak] jelentést tesznek a dologról, mely aztán együttesen intézkedik a javítás érdekében.” Kálvin a konzisztóriumot szánta az egyházfegyelem gyakorlására, az úrvacsorától való eltiltás (kiközösítés) büntetésének kiszabására. Viszont a rendtartás hangsúlyozta, hogy a vétkeseket előbb négyszemközt meg kell inteni, csak a megátalkodottak ügyét kell a konzisztórium elé hozni. „Mindez annyi mérséklettel menjen végbe, hogy ne legyen benne semmi sértő, legyen pedig az egész a bűnösöknek gyógyszere.” 4. A diakónusok feladata a szegénygondozás, a betegek ápolása volt a kórházakban.
A házasságot bármelyik istentiszteleten meg lehetett kötni – ha nem volt úrvacsoraosztás – prédikáció előtt (Genfben minden nap volt igehirdetés). A temetésről úgy rendelkezett a rendtartás, hogy legyen egyszerű, tisztességes, babonás szokásoktól mentes.
Kálvin az egyházi rendtartással egyértelművé óhajtotta tenni, hogy az egyház kormányzása nem a világi hatóság feladata. A genfi elöljáróság azonban – mint minden politikai hatalom akkor – nem kívánta kiengedni hatásköréből ezt a területet sem. A presbiterek delegálása a konzisztóriumba világosan jelezte ezt a politikai akaratot. Az úrvacsoraosztást továbbra sem engedélyezte többször a hatóság, csak évente négyszer. Igen beszédes azoknak a jegyzeteknek a sora, amelyeket a tanács tagjai fűztek a tervezet egyes pontjaihoz. A „vének” (presbiterek) szót például a „tanács megbízottai” kifejezésre változtatták; a lelkészek választásánál az „előzetes beleegyezés” jogát igényelték, már a meghívás esetében; nem engedték meg, hogy a lelkészek beiktatását kézrátétellel gyakorolják; a kiközösítésről szóló pontot teljesen átdolgozták úgy, hogy a végérvényes ítélet és büntetés mindig a világi hatóság kezében maradjon. Ezt azután Kálvin gyakori tiltakozása ellenére végre is hajtották folyamatosan. Egyébként a konzisztórium ülésein kivétel nélkül valamelyik tanácstag elnökölt, 1561-ig pálcával a kezében, mellyel a világi hatóság felügyeleti jogát demonstrálta. (Mindezekre azért kell felhívni a figyelmet, mert vannak „történeti munkák”, amelyek a konzisztóriumot „Kálvin diktatúrája” eszközének tekintik, sőt azt a képtelenséget is lehet olvasni e testülettel kapcsolatban, hogy halálos ítéleteket hozott.) Azt sem szabad ugyanakkor elhallgatnunk, hogy Kálvin „egyházalkotmánya” a közvélekedéssel ellentétben egyáltalán nem volt demokratikus.
A kiközösítés egyházi fenyíték volt. Azzal, hogy a hatóság lényegében saját hatáskörébe utalta annak megerősítését, polgári büntetéssé vált. Így éppen azt a jellegét vesztette el, aminek érdekében létrehozták: „legyen pedig az egész a bűnösöknek gyógyszere”. Ugyanakkor számos alkalommal a genfi polgárok is tiltakoztak a konzisztórium döntései ellen, nem ismerték el annak illetékességét és a tanácshoz fellebbeztek. A konzisztórium pedig igen gyakran olyan ügyekkel is foglalkozott, amelyekben tulajdonképpen nem lett volna illetékes. Ebből a zavaros helyzetből adódó viszályok folyamatosan jellemezték a genfi közéletet.
Dienes Dénes