Időközben felfüggesztették a reformáció híveinek üldözését Franciaországban, Kálvin kihasználta az alkalmat és hazatért. 1536 júniusában fivérére bízta a noyoni családi ügyek intézését, majd Strassburg felé vette útját. A francia király és a német császár között dúló háború hadszíntérré változtatta a szokásos utat, ezért Kálvinnak kerülnie kellett, s ez az útvonal Genf városán vezetett keresztül.

Genf a katolicizmus mellett kitartó Savoyai hercegség szomszédságában feküdt, ami meglehetősen kényessé tette a város helyzetét. Német kereskedők a harmincas évek legelején reformációs irodalmat hoztak a városba. A helyi templomokban olyan plakátok jelentek meg, amelyek Luther szellemében követelték a reformációt. Guillaume Farel Bern támogatását élvezve érkezett Genfbe 1532-ben, s prédikációi jelentős hatással voltak a polgárokra. 1533-ban újabb reformátor, Pierre Viret kezdte meg munkáját a városban. A városi tanács 1535 nyarán eltörölte a katolikus szertartásokat. A genfi püspök kiátkozta a várost, a hozzá hű papság és lakosság megkezdte a kivándorlást a helységből. A reformáció bontakozása később sem volt zavarmentes, Viret-t például megmérgezték, de túlélte, súlyos összetűzések voltak Genfben, ráadásul 1536 elején Savoya fegyveresen beavatkozott. Nyilvánvalóvá vált, hogy Genf függetlensége és a reformáció szoros összefüggésbe került egymással, mert a város szövetségese az 1528 óta evangéliumkövető, komoly katonai erőt felmutató Bern volt. Ez a szövetség megmentette Genf szabadságát, viszont Bern elvárta szövetséges társától, hogy maradjon meg az egyház megújításának útján. A berni katonai segítség győzelemre segítette Genfet Savoyával szemben, a belső feszültség azonban továbbra is válságot okozott a genfi polgárok köztársaságában. Ebbe a politikai és gazdasági gondokkal küzdő városba érkezett 1536 júliusában a 25 éves Jean Couvin, francia menekült.

Mindössze az éjszakát óhajtotta Genfben tölteni, de valamelyik ott időző ismerősével találkozott, s az értesítette Farelt ottlétéről, aki felkereste és kérte, hogy legyen segítségére a város reformációjában. Kálvin mentegetőzött, emlegette ifjú voltát, és hogy még tanulni szeretne, nyugalmat óhajt. Farel azonban ellentmondást nem tűrő akarattal vette rá, hogy Genfben maradjon: „Ha te jobban keresed magadat, mint Krisztust, akkor az Úr megátkozza a te tanulmányodat és nyugalmadat." „Mélyen megráztak és megindítottak ezek a szavak, annyira, hogy feladtam tervezett utamat" - emlékezett vissza később maga Kálvin.

Genfben nem kapott azonnal semmilyen hivatalos tisztséget, noha Pál apostol leveleit magyarázta a Szent Péter templomban. A várostól csak 1537 februárjától nyert némi fizetést. Helyzetére jellemző, hogy a tisztviselő, aki kiutalta számára az illetményt, még a nevét sem tudta, ehelyett azt írta a nyilvántartásba: az a francia (ille gallus). A lelkészek előtt viszont szinte azonnal megerősítette tekintélyét. Ugyanis az 1536 októberében lezajlott lausanne-i hitvitán az egyházatyák iratainak olyan magas fokú ismeretéről tett tanúbizonyságot, ami lenyűgözte őket. Kálvin ugyanis nem csak pontosan idézte emlékezetből, latin nyelven azok írásait, de még azt is meg tudta mondani, hogy melyik mű hányadik lapján található az idézett mondat.

Dienes Dénes