Ó, ti becstelenek és megvetésre méltók, lehet-e ez az Úr Jézusnak, az Isten Fiának teste? Megehetik őt egerek és pókok? Ó nyomorultak, ha semmi más rossz nem lenne pokoli teológiátokban, csak az, amit tisztelet nélkül mondtok Jézus drága testéről, akkor is tüzes máglyát érdemelnétek, hiszen ti vagytok a legádázabb istenkáromlók és eretnekek, akiket a föld valaha is hordott a hátán." Az uralkodó, I. Ferenc, a magát „legkatolikusabb" jelzővel illető király éktelen haragra gerjedt, szörnyű megtorlási hullámot indított el. A főváros rendjét felforgató eseményekre, többek között gyújtogatásokra is sor került, nem lehetetlen, hogy provokációs célból. I. Ferenc ugyanis, akinek szüksége volt egyes reformáció párti német fejedelmek szövetségére V. Károly császárral szemben, propagandájában azt híresztelte, hogy a felforgatók valójában anabaptisták, a véres üldözés ellenük és nem az evangélium igaz követőivel szemben folyik. Ne feledjük, hogy ezekben a hónapokban szerte Európában mindenki Münster ostromáról, az ottani „anabaptista királyság" szörnyűségeiről beszélt. A német városban hatalomra jutott újrakeresztelők ugyanis előbb szörnyű terrorral tartották fenn hatalmukat, majd pedig borzalmas kínzásokkal ölték meg őket a katolikus püspök katonái. Az anabaptizmus vádjával könnyen igazolni lehetett a reformáció franciaországi híveinek üldözését.

Feltehetőleg összefüggés volt az üldözés és Kálvin emigrációja között. 1535 januárjában érkezett meg a biztonságot nyújtó svájci városba, Bázelba, ahol Lucianus álnéven (a Calvinus anagrammája) tartózkodott egy ideig. Az egykor virágzó humanista központ fénye ekkorra már elhalványult, Erasmus, a nagy humanista tudós ugyan visszatért ide, de már nagybeteg volt, 1536 júniusában meg is halt. Kálvint nem is a humanisták társaságának jelenléte foglalkoztatta, sokkal inkább az otthonról érkező hírek. Itt értesült arról, hogy az üldözés során sokakat, közöttük 1535 februárjában barátját (Etienne de la Forge) máglyán megégették. Ezek a hírek mélyen megrázták, ugyanakkor felháborodott azon, hogy az evangélium követőit anabaptizmus vádjával végzik ki. Első teológiai művét az anabaptisták ellen írta (Psychopannychia), most ismét tollat ragadott, hogy a reformáció francia híveiről elhárítsa az anabaptizmus és általában az eretnekség vádját. Munkájával 1535 augusztusában készen volt, noha az nyomtatásban csak 1536 tavaszán hagyta el a sajtót. A 15x10 cm méretű könyv 519 oldal terjedelemben, Institutio Religionis Christianae címmel jelent meg. Az ajánlást a szerző I. Ferenc királynak címezte. Bizonyára hitelt adhatunk azoknak a vélekedéseknek, melyek szerint az uralkodó soha nem olvasta el. Viszont megtették ezt sokan mások, s a mű az írónak egy csapásra nagy hírnevet szerzett.

Institutio Christianae Religionis (Tanítás a keresztyén vallásra; A keresztyén vallás rendszere).

Az első kiadás tehát 1536-ban jelent meg Bázelban. Kálvin folyamatosan bővítette, a végleges szöveg kiadására 1559-ben került sor. Az első kiadás tulajdonképpen katekizmus. Luther hatását hordozza, amennyiben az ő Kis Kátéjának felépítését követi: 1. A törvényről, amely magában foglalja a tízparancsolat magyarázatát. 2. A hitről, amely az Apostoli Hitvallás magyarázatát is adja. 3. Az imádságról, amely az Úr imádságának kifejtését is adja. 4. A sákramentumokról, amelyben a keresztségről és az úrvacsoráról van szó. 5. A hamis sákramentumokról. 6. A keresztyén szabadságról, az egyházi hatalomról és az állami kormányzatról.

Thúri Pál magyar reformátor így méltatta e művet:

Praeter apostolicas post Christi tempo¬ra chartas,

Huic peperere libro secula nulla parem.

Szenci Molnár Albert pedig ezt így magyarította:

Az szent könyvek után, kiket az nagy apostolok írtak,

Ennél jobb könyvet még soha senki nem írt.

Dienes Dénes