A kollégiumi rendszerben működő párizsi egyetemen a de la Marche kollégiumba került, ahol kitűnő alapot kapott a latin nyelvben, amit oly könnyed eleganciával használt későbbi pályafutása során. Néhány hónappal később a Montaigu kollégium diákja lett. Ennek az intézménynek rettentően rossz híre volt. Rabelais, a neves humanista azt írta róla, hogy „a mórok és tatárok gályarabjai, a gyilkosok a tömlöcben... sokkal jobb bánásmódban részesülnek, mint a növendékek ebben az úgynevezett kollégiumban." A testi fenyítés durva volt, az étkezés silány. „A büntetésből kiszabott korbácsütéseket hóhér kezéhez illő kemény szigorral osztották ki. A kollégium igazgatója mindannyiunkból szerzetest akart nevelni, és hogy megszokjuk a böjtölést, egy falat húst sem adott nekünk" - emlékezett vissza itteni éveire Erasmus. Kálvin minden bizonnyal itt szedte össze gyomorbaját, ami későbbi élete során annyiszor kínozta. S talán kedélyére nézve is maradandó hatást gyakorolt ennek az iskolának nyomasztó légköre. Bizonyos, hogy már itt kínzó fejgörcsök gyötörték, igen sokat böjtölt, méghozzá nem is kényszerből, hanem önként. Keveset beszélt, nem kereste mások társaságát, komoly vagy talán egyenesen komor tizenéves ifjú volt. Egész életében rendkívül tartózkodónak bizonyult érzelmeinek kimutatásában.
A különböző osztályok tananyagát feltűnően gyorsan sajátította el. Már ekkor kitűnt széleskörű olvasottságával, valamint páratlan emlékező tehetségével. Tulajdonképpen bölcsészhallgató volt, aki előbb logikát tanult, mintegy bevezetésül Arisztotelész filozófiájának tanulmányozásához, azután pedig filozófiát, ide értve a teológia alapjait is. Párizsi tanulmányait talán 1526-28 között fejezhette be. Tanuló éveinek kronológiája bizonytalan.
Mindenesetre válaszút elé érkezett, s apja döntése nyomán, aki korábban papnak szánta, mégsem teológiát, hanem jogot kezdett tanulni Orleansban, mivel Párizsban csak egyházjogot adtak elő. „Atyám engem - így szól maga - még gyenge gyermekkoromban a teológiára szánt. Midőn azonban látta, hogy a törvénytudomány a maga művelőit széltire kincsekkel gazdagítja; ennek reményében szándékát hirtelen megváltoztatta. Így történt, hogy én a bölcsészet tanulását félben hagyva a törvénytanulás pályájára léptem, amelyen, hogy atyám akaratának engedelmeskedjem, hű szorgalommal előhaladni igyekeztem, de az Isten az ő gondviselésének titka szerint pályámnak végül más irányt adott."
Orleansban kiváló professzorok tanítottak, közülük legnagyobb hatást Melchior Wolmar gyakorolt Kálvinra. Wolmar ebben az időben már a lutheri reformáció eszméinek a követője volt. Nem bizonyos azonban, hogy Kálvin meghatározó indíttatást kapott volna tőle a reformáció üzenetének befogadására, noha feltételezhető, hogy evangéliumi meggyőződése Kálvin előtt nyilvánvaló volt. Hiszen Wolmarral baráti kapcsolatba került, tőle magánúton görögöt tanult.
Tanulmányi ideje alatt többször tartózkodott távol Orleanstól. 1529-ben Bourges-ba ment, az ottani egyetemre, ahol valamivel több mint egy évig tanult. Mindkét egyetemen elsősorban a humanizmus szelleme volt rá döntő hatással. Azt a filológiai igényességet, ami oly jellemző későbbi kommentárjaira, ezeken az egyetemeken sajátította el.
Orleansban nem is jogi, hanem humanista jellegű munkát kezdett el, amit Párizsban fejezett be 1531-ben. Értekezést, kommentárt írt a neves római filozófus, Seneca De Clementia című művéhez. Majd ismét visszatért Orleansba, ahol befejezte tanulmányait és 1533-ban valószínűleg megszerezte a jogi doktorátust. Még ebben az évben ismét a fővárosban találjuk, ahol az egyetemen, november 1-én Nicholas Cop, az egyetem új rektora, évnyitó beszédében az egyház szükségszerű megújulásáról értekezett. A beszéd nagy felháborodást keltett, Copot a parlament (legfőbb bírói testület) elé idézték, menekülnie kellett Párizsból. Kálvin is jónak látta, ha távozik, bár egy hónap múltán visszatért a fővárosba.
Feltételezések szerint Kálvinnak köze volt az évnyitó beszédhez (később ugyanis iratai között ott volt a másolata), de az is lehetséges, hogy távozásának inkább az volt az oka, hogy a lutheranizmus gyanújába került emberek után nyomoztak a hatóságok az egyetemi botrány következtében.
Dienes Dénes