Fejes István a Zemplén vármegyei Legenyén született 1838. január 22-én egy hétgyermekes lelkészcsaládban. Édesapja Fejes Sámuel, édesanyja Nemes Mária. Elemi tanulmányait szülőhelyén, majd Ladmócon folytatta, ez utóbbi helyen lett édesapja lelkipásztor 1845-ben. Sárospataki gimnazista lett 1846 szeptemberében, 1854-ben pedig akadémista. Ezekben az években vívta küzdelmét a református egyház s maga a pataki iskola is az önkényuralmi rendszerrel az egyházi és iskolai autonómia érdekében. Az akadémiai tagozaton a képzés egyszerre nyújtott lehetőséget a tanári és a lelkészi pálya iránt érdeklődőknek, bölcsészetet és teológiát karöltve lehetett tanulni, s a legtöbben, így Fejes is, éltek ezzel a lehetőséggel. A legkiválóbbak közé tartozott, tanárai közül elsősorban Erdélyi János, a kor irodalmi életének előkelő helyen számontartott egyénisége hatott rá leginkább. Az irodalmi önképzőkörnek lelkes munkása volt, népdal-szerű verseivel már diákéveiben jelentkezett. Egyes darabjait még a kollégiumi kórus is énekelte.

"Sír a madár, sír a száraz ágon,

Beh! egyedül vagyok a világon!

Őszi szellő lengeti a fákat,

Fájó szívem megtöri a bánat.

Kis kertemben elszáradt a rózsa,

Több virágot nem szakítok róla;

Hűtelen lett, a ki azt ültette,

Bút ültetett szívembe helyette."

Talán éppen az említett Erdélyi János hatását sejthetjük döntése mögött, amikor 1857-ben, lemondva a lelkészi pálya lehetőségeiről, elhagyta Sárospatakot, és tanárnak ment Fehérgyarmatra. Két évvel később Budapestre távozott, a néhány évvel korábban indult protestáns (református és evangélikus) közös főiskolára, ahol egy éven át tanult, de vizsgát nem tett, viszont kiváló irodalmi és tudományos kapcsolatokat épített (Thaly Kálmán, Hagymássy/Tolnai Lajos stb.), talán éppen ez is volt az elsődleges célja. Innen hívták meg Hódmezővásárhelyre tanárnak 1860-ban. Református gimnáziumaink az önkényuralom elleni küzdelmükben igyekeztek neves, az irodalmi életben megbecsült tanárokat alkalmazni. Például Arany János Nagykőrösön, Lévay József Miskolcon lett gimnáziumi tanár. Fejes, amellett, hogy ismert irodalmárnak számított, pataki kapcsolatainak köszönhette a meghívást, mert a vásárhelyi igazgató, Futó Mihály diáktársa volt a Bodrog-parti városkában. Vásárhelyen meg is házasodott, felesége a nyírbátori Kulcsár Ilona lett, akit még fehérgyarmati tanárkodása idején ismert meg. Klasszikus történelmet, magyar irodalmat, vallást és latint tanított, s nagy gonddal folytatta irodalmi munkásságát is, számos folyóirat munkatársa volt, de önálló verseskötetet is adott közre.

A sátoraljaújhelyi lelkészi állás 1864-ben megüresedett, s az új főgondok, Dókus József, később zempléni alispán, Fejes Istvánt ajánlotta megválasztásra. Ilyen befolyásos és magas presztízsű személyiség javaslatait ritkán szokták elutasítani, viszont Fejesnek nem volt lelkészi képesítése. Miután Dókus meggyőzte őt is, 1865 nyarán mindkét lelkészi vizsgáját letette Debrecenben, a kápláni dolgozatát latinul írta meg a dogmatika tárgyában. Ez év október 8-án foglalta el állását Újhelyben, és azután 44 éven át hűségesen folytatta is lelkipásztori hivatását.

Az irodalmi élettel egyáltalán nem szakított. A költészetet folyamatosan művelte, írt színműveket, műfordítással is próbálkozott, Shakespeare-nek több darabját is fordította, de ültetett át műveket francia és latin nyelvből is. A paletta azzal bővült, hogy egyházi beszédeit is kiadta több kötetben. Az egyházkerület életében is igyekezett megtalálni a maga helyét, de lelkésztársai kezdetben távolságtartással fogadták. Ez egyrészt azzal magyarázható, hogy noha tiszáninneni származású volt, mégis kívülről jött. Ráadásul nem járta végig a szokásos utat, nem szenvedte el a káplánság kiszolgáltatott esztendeit, a kisjövedelmű falvak sarát sem taposta, hanem a katedráról ugyan, de mégis csak kebelbeli kerületi előzmények nélkül az egyik legrangosabb gyülekezet pásztora lett. Ráadásul lassan közismertté vált, hogy rossz a házassága, 1877-ben el is vált a feleségétől. A bizalmatlanságot ez is erősítette irányában.

Közéleti munkássága nem is a kerületben indult, hanem az 1876-ban megalakult Protestáns Egyletben. Ez a nyugat-európai hátterű egyesület elsősorban az evangélikus és református értelmiséget tömörítette azzal a céllal, hogy a protestantizmus a maga sajátos örökségét érvényesítse a szellemi életben és a társadalmi kérdésekről szóló vitákban egyaránt. Ezt követően az egyházkerület is egyre nagyobb bizalommal számított rá, részben az 1881. évi zsinatot előkészítő bizottságban, részben pedig az énekeskönyv-reform ügyében. Ekkor az általános elismertsége, amit elsősorban gazdag irodalmi munkásságának köszönhetett, olyan nagy volt, hogy a zsinat megnyitó istentiszteletén Fejes István lett az „ünnepi szónok”. A megalakuló konventnek, vagyis az új, egységes alkotmányt kapott Református Egyház országos vezető testületének állandó tagja lett. Időközben ismét megházasodott, özv. Teleky Lászlóné Tóth Karolinát vette nőül (1881).

Ezekben az években igen intenzíven vett részt az egyházpolitikai életben. Eszménye a „szabad hazában független református egyház”, aminek jegyében következetesen politizált. Memorandumot készített elő a készülő középiskolai törvény ügyében, a református gimnáziumok autonómiáját féltve attól. A sárospataki kollégium lelkészi gondnokává választják 1882-ben, elismerve az iskola-politikában tett fáradozásait. Egyáltalán nem támogatta azt az állami kezdeményezést, hogy a református püspökök legyenek tagjai a főrendiháznak, s nagy küzdelmet folytatott az államsegély bevezetése ellen is. Az említett bizalmatlanság oldódott vele szemben, éppen az elvszerű közéleti tevékenységének köszönhetően, s a felső-zempléni egyházmegye 1895-ben esperesévé választotta, amiről azonban három év után lemondott, mivel a közegyházi – zsinati és konventi – működése nem adott elég időt a lelkiismeretes esperesi munkára, az egyházmegye kormányzására. A közéletben megmutatkozott elvhűsége teremtette meg számára azt az általános elismerést, melynek nyomán 1910-ben, hetvenkét évesen a tiszáninneni kerület püspöki székébe jutott. A huszonnyolc évvel fiatalabb Tüdős István 138 szavazatot kapott, Fejes Istvánt 227 gyülekezet támogatta.

A tisztelet ajándéka volt ez számára, mert egyházpolitikai küzdelmeiben lényegében a vesztes oldalra került. Az 1883. évi középiskolai törvényben az állam kizárólagos akarata érvényesült, a református püspökök 1885-ben helyet kaptak a főrendiházban. Az államsegély kérdésében Fejes – elvi ellenfele Tüdős Istvánnal szemben – egészen 1909-ig kitartott. Ekkorra azonban a sárospataki kollégiumnak olyan tetemes költségvetési hiánya halmozódott fel, hogy az intézmény megmentése érdekében államsegély igénybevételét határozták el. Kudarc volt az is, hogy egyházközsége nem akarta s talán nem is tudta megfelelően működtetni a népiskolát, ezért állami kézbe adta.

Irodalmi munkásságát, elsősorban költői teljesítményét, nem kisebb személyiség, mint Arany János bírálta. Jeles géniuszunk kevés jót mondott el Fejes verseiről. Elismerte, hogy olykor megcsillannak esztétikailag igen értékes sorok, de összességében szép szavak halmazát látta a versekben, többnyire költői mondanivaló nélkül. Fejes nem tartozott a vezető irodalmárok közé, amit az is nyilvánvalóvá tett, hogy sem a Kisfaludy-, sem pedig a Petőfi Társaság nem hívta meg soraiba.

Ha a hatását keressük irodalmi munkásságának, akkor feltétlenül utalnunk kell az énekügyi reform mezején végzett tevékenységére. A templomi és temetési éneklés kérdéseivel egyaránt foglalkozott. Az új énekeskönyv szerkesztésében döntő szerepet játszott, saját énekversei pedig hamar népszerűek lettek. Elsősorban azért, mert mélyen ismerte a magyar református néplelket. Reformátusságunk ekkor még döntő többségében a paraszti kultúra keretei között szocializálódott, saját népi hagyományai még elevenen éltek. Fejes István ennek a közösségnek gondolatvilágához igazította énekeinek üzenetét, hangulatát.

"Mint a madár kis fiára

Ráborítja szárnyait, :/:

Úgy fedez be bizonyára

Engem Isten karja itt;

Véget ér majd mindenem,

Csak az ő szerelme nem,

Jó Atyám ő kezdet óta,

Minden bajtól szívem óvta."

Lelkipásztorként szelíd és nyájas volt, de nem leereszkedő, mert a lelkészi tekintélyt igen fontosnak tartotta. Rangos parókiát építtetett, megírta gyülekezetének történetét. Református igehirdetésünk Karl Barth svájci teológus tanításának hatása következtében visszatért a reformátori alapokra. A centrumba ismét az evangélium hirdetése került, ennélfogva az üzenet krisztológiai megalapozása és kivezetése magától értetődő követelmény. Ezt a jellemvonást hiába keressük Fejes István prédikációiban. Jellemző, hogy „egyházi beszédek” címmel adta közre azokat. Ugyanígy „temetési beszédek” a halottak fölött elmondott igehirdetések is. A legtöbbnek még textusa sincsen. Fejes látásában a prédikáció, amit egyébként formailag irodalmi igénnyel és igen magas színvonalon művelt, az ember valláserkölcsi életszínvonalát emeli, az élet egyre hasznosabb és szellemi értelemben vett igényesebb megéléséhez ad vezérfonalat. Sorsunk fonala az égből nyúlik le, ezt megragadva az önbizalom erejével és törekedve fel mind magasabbra, az Istenbe vetett hittel kell munkálni és terjeszteni az emberi boldogságot és Istennek dicsőségét. Hit és józan elme működik itt együtt tudatosan földi síkon, örökkévaló távlatok alig vannak. A temetési beszéd pedig a küzdelmes életet tekinti át, s mérleget von felette. A halál örök törvény, ez már önmagában vigasztaló, hiszen mindenkire érvényes, de egyben megnyugvás is a munkás élet után. A feltámadás pedig ajándéka a hitben eltelt földi éveknek. Krisztusi megváltásnak szinte semmi nyoma ezekben a beszédekben. Oly jellemző temetési éneke:

Amikor az 1948-as ún. próba énekeskönyvet szerkesztették, teológiai szempontok szerint megrostálták a korábbi énekeskönyv darabjait. Fejes Istvánnak egyetlen éneke maradt: Egyedüli reményem…

Fejes István nem volt a korának egyházi korszellemére oly jellemző teológiai liberalizmus harcos terjesztője, a bibliakritikai megjegyzések nem jellemzőek prédikációiban. Ugyanakkor korának embere volt mégis, de a szószéken is inkább tanár, aki eszméltetni, ösztönözni akart a szépre, a jóra, arra, ami igaz és tisztességes. Valójában lelkipásztorként a keresztyén etika munkása volt.

Sátoraljaújhelyen hunyt el 1913. december 1-én.